“我想请你们帮我解决某起事件，但如果你们失败的话……”
在神秘委托人的招待下，小五郎与柯南一行人来到了神奈川县横滨市。一行人受邀来到一座游乐园，没想到却掉入神秘男子所设下的陷阱。小兰、灰原与少年侦探团，也因此落入敌人手中成为人质。时间限制为12个小时，如果不在时间内解开男子所出的谜题，小兰他们身上的炸弹就会爆炸。
“你能了解失去心爱的人，是什么样的心情吗？工藤。”
这名男子居然知道柯南其实就是工藤新一？！这名男子的真正身份，难道是……就在同时，“关西的高中生侦探”服部平次的青梅竹马远山和叶也被抓走作为人质。追查着怪盗基德的“高中侦探始祖”白马探，也接到了神秘男子的委托。这些侦探们一同挑战谜题。
但是，当柯南他们正努力调查敌人的真面目之时，却同时也面临着一连串的危机。而众人追查已久的怪盗基德，居然也在此刻现身！柯南、平次、白马、基德以及小五郎与其他刑事们，将携手挑战这次的强敌。时间一分一秒地逼近著，当大家就要解开所有的谜题时，敌人却又设下了最后一道陷阱。柯南的身体究竟会……
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